BIOVIA Pipeline Pilot

Materials Studio

Chemistry化學

● Chemistry模塊提供了多種對化合物的篩選和學習方法，實現化合物的性質計算、分析和處理等功能?？梢钥焖倜杜e和分析組合化學的反應產物，識別一系列化合物中的公共子結構。該模塊支持絕大多數的工業標準化學格式，并可實現各種格式之間的轉化。

● ADMET模塊能夠計算化合物在生物體內的吸收、分布、代謝、排泄和毒性特征，包含的模型有：人體腸內吸收預測模型、水溶性預測模型、血腦障礙滲透性預測模型、血漿蛋白結合率預測模型、細胞色素P450 2D6抑制率預測模型和肝毒性預測模型，此外，還能夠預測已知藥物的代謝產物。

Materials Studio

Biology生物

● Gene Expression模塊在開源軟件BioConductor的基礎上，實現了基因表達實驗的數據處埋、可視化、分析、標記和報告生成等系列功能。

● Sequence Analysis模塊通過

180多種的序列分析組件提供了整套的生物信息學工具，將模塊化工具與圖形化的設計方式結合，實現對蛋白質和核酸的序列的注釋和特征分析，序列搜索和比對，產生引物和擴增子，siRNA設計，發現限制性酶切位點等功能。

● Mass Spec for Proteomics模塊提供了—系列對基于生物質譜的蛋白組數據處理工具，可以對來自質譜實驗的數據進行讀入、輸出、顯示、處理、分析、比較和發布。

● Next Generation

Sequencing(NGS)模塊讓用戶能夠分析和解析目前大多數高通量測序儀產生的大量數據集。

Materials Studio

Imaging圖像處理

● 圖像處理模塊大大改變了企業處理圖像信息的方式，它不僅應用范圍廣泛，且簡單易用。它能夠對圖像進行全面、 準確的分析，且能夠與其他相關數據關聯起來，從而為研究人員和決策者提供更及時準確的決策依據。 該模塊提供了圖像數據的增強、處理、分析、數—據整合、數據管理、檢索和報告輸出的全面的綜合科學圖像分析工具，能夠將圖像數據與數值、文本、化學及其他科學數據整合在一個統一的工作平臺進行分析。

Materials Studio

Laboratory實驗室數據分析

● Plate Data Analytics模塊提供了對孔板數據的讀、寫、報告、可視化、操作和計算等功能，數據處理流程中的每條數據記錄都能夠對孔板上的單孔數據或整版數據進行處理。

● Analytical Instrumentation模塊提供對實驗室中分析譜圖數據的獲取和處理。使用該模塊，可以對分析譜圖數據自動處理、產生報告，并且與其他部門共享。

● Mobile移動應用模塊使

Pipeline Pilot具備了通過移動終端即時訪問數據和信息的能力通過ScienceCloud Task App ,終端用戶可以通過iPhone或者ipad以簡單易懂的方式來調用功能強大的Pipeline Pilot protocols。

Materials Studio

Life Science Modeling & Simulation

生命科學建模和模擬

● Catalyst Collection提供了整套藥效團建模和3D分子數據庫篩選工具。

Pipeline Pilot整合了著名的藥效團軟件

Catalyst,從而簡化了藥效團的建模和分析過程。

● CHARMm Collection模塊整合著名的分子動力學引擎CHARMm，可以用來模擬生物分子，能為蛋白質、核酸、小分子和蛋白質配體復合物進行穩定而又準確的分子動力學模擬。

Materials Studio

Materials Modeling & Simulation

材料模擬

● Pipeline Pilot中的Materials Studio (MSC)模塊，集成并支持Materials

Studio (MS)中主要的建模和模擬工具，可以為材料研究的預測分析和自動化工作流程提供完整的軟件解決方案。與傳統的材料模擬不同的是，通過Pipeline Pilot，復雜的工作流程能夠被輕松迅速的開發、記錄和共享。

● 高分子性質(Synthia)模塊提供了一系列方法，可以基于重復單元信息、分子量和溫度，對無定型聚合物和隨機共聚物的性質進行快速預測。

Materials Studio

Reporting & Visualization

報告和可視化

● Reporting模塊為數據分析和挖掘工作定制總結報告。報告中可靈活使用表格、圖表、圖像和文字等各種元素，并通過對報告布局和報告內容的調整，能更清晰地解釋和闡述所獲得的結果。通過在張報告內展示多種不同的表格、圖表和圖像，可以在不同視角上觀察同份數據，或將不同來源的數據用不同的方式展示，從而方便對它們進行對比和分析。

Materials Studio

Database & Application Int egration

數據庫和應用程序整合

● Integration模塊提供了強大的集成功能，能夠把現有的內部或第三方程序以及數據庫無縫集成到Pipeline Pilot中，從而能充分利用現有的計算資源。被整合入

Pipeline Pilot的應用工具可以像系統原有的模塊組件一樣被方便的使用。本模塊支持對Java、Perl、.Net、VBScript等的腳本和程序進行直接整合，也支持通過

JDBC、ODBC整合Oracle、SQLServer等數據庫，實現數據的獲取、分析處理和生成報告，并能將結果直接存入數據庫。

Materials Studio

Analysis & Statistics

分析與統計

● Data Modeling模塊提供了—整套統計分析工具，包括機器學習和數據建模，統計模型的預測和數據的篩選，以及適用于大數據集的聚類分析工具。利用該模塊的組件，用戶可以很容易地對數據進行聚類分析、構建貝葉斯模型、遞歸分割模型、主成份分析和偏最小二乘回歸等分析。結合 Chemistry模塊還能夠基于化學結構進行建模和聚類分析，構建出各種結構－活性關系模型的、進行化合物分類以及自動尋找化合物的最大公共子結構等。

● PipelinePilot的R統計模塊將R的 些數據統計和分析方法無縫整合到Pipeline

Pilot中，用戶無需編寫R腳本語言，僅需通過調用相關組件，就能夠進行基于R語言的數據分析和圖表生成。

Materials Studio

Document Search & Analysis

文檔挖掘和分析

● Text Analytics模塊提供了很強的文獻檢索和文本數據挖掘的功能，將文獻檢索、特征數據提取和表征等步驟整合為一個自動化的流程，可以實現最具挑戰性的文本數據挖掘過程。

(Chemical Text Mining)

● ChemMining模塊使PipelinePilot具備 “化學智能” 的文本數據分析功能，它能夠自動識別出文獻中的化學詞匯如化學名、藥名、IUPAC名、CAS號、分子式等，并能夠將化學名自動轉換為化合物結構。

● 通過Thomson Reuters Cortellis模塊，可以讓您使用Pipeline Pilot 流程，以更高效簡單的方式來訪問Cortellis數據庫所提供的海量的、廣泛的生命科學數據，并能夠將內部數據與之無縫整合。